Если договор с юр лицом, по закону они обязаны быть Вашим налоговым агентом ,
и , согласно п.2 ст. 226, ст 228 НК РФ ндфл удерживается и перечисляется ОДНОВРЕМЕННО с выплатой физ лицу,
то есть Подоходный налог платится в ДЕНЬ получения дохода.
Как это контролировать? Записать в договоре, что бы по эл почте Вам высылали ежемесячно скан ,что оплатили налог

совершенно верно, 226 статья нк рф - налоговый агент (то есть юрлицо, которому вы сдаете квартиру) обязан произвести расчеты с фнс за вас. если же юрлицо просит вас заплатить налоги, при этом перечисляет безналом... вы договор уже видели? он заключен именно с юрлицом, или с физическим лицом, а наличие "фирмы, которая платит" просто озвучивалось на словах? если это юрлицо, то какое назначение платежа они планируют прописывать? вообще, левые схемы обычно до добра не доводят. одно дело, когда речь идет о двух физиках - тут все всё понимают, все живые люди и живут в российских реалиях, да и ситуация достаточно простая. если появляется юрлицо, а на другой стороне сделки физик, да еще и не разбирающийся в вопросе... я бы на вашем месте задумался.
что касается того, что нужно предусмотреть в договоре с юрлицом - это как минимум количество (а в идеале и именной состав) проживающих. чтобы ваша квартира не стала гостиницей для сотрудников предприятия, со всеми вытекающими. а то и не только для сотрудников, если ушлые ребята решат втихаря заняться субарендой