Добрый день.
Такое пройдет.

Андрей, в таких вопросах желательно указывать: Вы это продаете или покупателе? )
Если Вы со стороны продавца, то:
1) Регистрация перехода права на земельный участок не зависит от наличия на нем незарегистрированных строений. Сделку зарегистрируют.
2) Покупатель пойдет ставить дом на учет по дачной амнистии. Если там нет проблем с самим участком, и строение располагается в соответствии с градостроительным планом и ПЗЗ соответствующего региона, и будет кадастровый инженер с прямыми руками, то дом поставят на учет.
3) если дом не поставят на учет - покупатель может посудиться за расторжение сделки купли-продажи земельного участка при определенных обстоятельствах и хорошем юристе. Это долго, дорого и муторно.

Если Вы со стороны покупателя, то:
1) Регистрация пройдет.
2) Кроме проверки самого участка нужно проводить проверку дома, даже если его нет на кадастре. Например, участок получен по наследству и в браке на нем построен дом. С точки зрения документов на участок, согласие супруги на продажу не нужно, но супружеских денег в него вложено не мало и без согласия есть риск оказаться в судебном процессе о расторжении, инициированном такой супругой.
3) Если дом не поставят на кадастровый учет по причине проблем с землей, то нужно смотреть какие формулировки и какие причины. Суд по расторжению такого договора долгий, дорогой и муторный.

При такой попытке ДКП не признают недействительным, но могут приостановить сделку из-за неединства судьбы земельного участка и находящихся на нем строений. Коме того, признать сделку недействительной могут позже, как по иску самого продавца, так и третьих лиц (супруга, кредиторов, наследников).