Только нужно помнить, если маткапитал перечисляется напрямую продавцу, то на это требуется время - полтора месяца. А у Вас опека и сделка нотариальная, и, наверняка, альтернативная... Срок перечисления средств МК не повлияет на взаиморасчеты по альтернативе??? Это важный момент.

Если комната - выделенный объект права, то могут.
Распорядиться материнским (семейным) капиталом на улучшение жилищных условий можно, когда второму, третьему ребенку или последующим детям исполнится три года
До достижения трехлетнего возраста второго ребенка, средства МК можно использовать на уплату первоначального взноса при получении кредита (займа), в том числе ипотечного, а также направить средства материнского (семейного) капитала на погашение жилищных кредитов и займов.