Совсем необязательно, что продавец будет минимизировать налоги и настаивать на указании в договоре заниженной стоимости квартиры. Есть еще вполне порядочные люди, которые готовы платить налог.
Собственность менее 3-х лет неравно обязанности уплаты налога, все зависит от оснований возникновения права собственности.
Если будет заниженная стоимость, то для Вас это чревато:
а) невозможностью в полном объеме воспользоваться своим правом на получение налогового вычета при покупке, касательно именно этой квартиры;
б) риск в случае расторжения сделки получить ровно столько, сколько будет указано в договоре;
в) в случае дальнейшей продажи, невозможность оптимизировать свою обязанность по уплате налогов;

Кроме того, не стоит забывать о сроках исковой давности, которые в большинстве случаев составляют как раз 3 года.
Навскидку так, если подумать, то наверно можно еще что-то найти.

Если по дарению от ближайшего родственника, то будет налог 13% от суммы, превышающей 1 м.р.
Если по дарению от мужа к жене, то для точного ответа необходимо знать: момент возникновения права собственности у мужа и основания возникновения это права.
Например, при возмездном приобретении имущества одним из супругов право совместной собственности супруга возникает с момента регистрации права другого супруга, на чье имя оформлен правоустанавливающий документ, если брачным договором не установлен правовой режим имущества, отличный от законного режима совместной собственности (ст.ст. 33, 34 Семейного кодекса РФ).

Извините. А если квартира перешла по дарению от ближайшего родственника ( от мужа к жене) и менее 3х лет в собственности , что будет при продаже?

Алексей, хочу добавить ко всему, что на данном форуме написали специалисты, следующее. Даже если квартира в собственности менее 3х лет, то надо разобраться, каким образом квартира была получена. Если получена по наследству или в результате приватизации, но продавцы согласны на полную стоимость в договоре, то проблем никаких для Вас нет. Если продавцы не согласны показать полную стоимость в договоре в этом случае, то это те риски, о которых написал Даниил. Если же квартира приобретена в собственность по ДКП, то минимальная стоимость квартиры в Вашем варианте должна как раз быть равной этой стоимости, чтобы продавцам не попасть на налоги. Вы, как покупатель, решайте свои вопросы с риелтором по минимизации рисков, а не оптимизируйте налоги продавцов. У Вас с продавцом разные задачи, но компромисс всегда можно найти

в каждом конкретном случае надо разбираться: далеко не всегда продавец и его риэлтор хорошо знают НК и способны правильно подойти к оптимизации НДФЛ. Вполне вероятно, что квартиру, которую заявляют с оформлением за миллион, на самом деле можно продать с настоящей стоимостью в договоре и при этом избежать уплаты НДФЛ.

Продавец будет в договоре указывать 1 млн. Соответственно в случае расторжения обратно 1млн. И вернут Вам. Может быть продавец попадется честный, готовый платить налоги, и будет указывать всю стоимость. Может налог в цену квартиры заложить. В любом случае обратитесь к специалисту за сопровождением.‌‌‌

Продавец будет настаивать на указании в договоре КП на стоимости квартиры меньше одного миллиона рублей.