ЛЮБОЕ ЗАИНТЕРЕСОВАННОЕ лицо, хоть физическое, хоть юридическое.

Берут на понт. Даже если у агента остался подлинник авансового договора с другими цифрами по цене, то стороны при заключении договора купли-продажи могли придти к другому соглашению по цене (свобода цены в договоре).
А все остальное - пусть доказывают, сами же пойдут соучастниками, и банк тоже. Поэтому никто реально в суд идти не заинтересован, так что можете игнорировать.
А по сути - если недоплатили комиссию - доплатите, и это будет честно и вам в карму.

Размер комиссии оговаривается в начале процесса. Если одна из сторон к его конце пересмотрела свои взгляды, то и итог таков

"И угрожает сейчас подачей в суд на отмену сделки, козыряя тем, что у нее есть информация по завышению стоимости квартиры и отсутствием у нас первоначального взноса." - для суда такая информация должна быть документально подтверждена. если вы имели неосторожность завышение прописать в документах и оставить копии у риэлтора, то... сделку не отменят. но крови попьют у вас немало, и нервов помотают. завышение - формально преступление (мошенничество), причем уголовная статья. хотя надо очень сильно постараться, чтобы быть за это осужденным, но при наличии злой воли и определенных связей, инициатор вполне может довести дело до этого. и вам придется либо выплачивать крупный штраф, либо откупаться от кривоохранительных органов неофициально.
поэтому для начала определите для себя, пытается агент вас взять на понт, или у него действительно есть с чем пойти в суд. если второе, тогда проще (дешевле) будет заплатить ему

Мне известны случаи, когда по инициативе агентства накладывался запрет на дальнейшие регистрационные действия

Отменить в итоге сделку они не смогут, но затянуть - вполне. В вашем случае лучше найти возможность мирного урегулирования ситуации. Компромат, который есть на вас достаточно неприятен.

УК РФ Статья 159.1. Мошенничество в сфере кредитования. Почитайте.

"есть информация"- это только слова... а должны быть документы! Банку это вообще не интересно , банку важно , чтоб заемщик регулярно платил по ипотеке. Если стороны договора уверены в чистоте сделки и подписанных документах, то воспринимайте "страшилки" адекватно. А вообще-то, с агентом следовало рассчитаться полностью, согласно договоренностям. Поэтому, на форуме можно сказать , что мы видим только одну сторону медали, которую Вы нам показываете. А у агента могут быть иные представления и доказательства.....