По всей видимости и с большей вероятностью склоняюсь к тому, что налог заплатите со всей суммы от полученного дохода по договору купли-продажи. Если в собственности после 1 января 2016 года, то налог заплатите с 70% от кадастровой стоимости, если указанная сумма в договоре купли-продажи меньше 70% от КС, если больше - значит с указанной цифры в договоре. Почему по всей видимости - потому что нужно разбираться, не изучив ситуацию изнутри утверждать на 100 % сложно, вопрос имеет определённые трактовки с разных ведомств и от региона, конкретного налогового органа и самой подачи ситуации может быть принято решение, а иногда и неожиданное решение для налогоплательщика.