Наталья, сформулируйте пожалуйста вопрос так, чтобы было возможно на него ответить.
Продаёте помещение и хотите зачесть налоговый вычет по расходам или что у Вас?
Помещение используется в предпринимательской деятельности или нет?

Имеет значение:
- было ли оно просто куплено и пустовал
- было ли оно куплено и вы как ИП вели в нём свою деятельность
- было лионо куплено и вы его сдавали и получали с него рентный доход

Добрый день. Неважно как оформлено нежилое помещение, если оно использовалось в предпринимательской деятельности, то налогообложение дохода от его продажи будет происходить в рамках выбранной системы налогообложения ИП. Если в деятельности ИП это помещение не использовалось, то есть шанс применить налогообложение дохода в рамках НДФЛ. Тут важны функциональные характеристики и назначение объекта... есть ли возможность использовать объект в целях, не связанных с предпринимательской деятельностью, т.е. для личных нужд физического лица.