Кстати, если у Вас ИП не имеет соответствующего классификатора вида экономической деятельности (ОКВЭД) с правом продажи недвижимости, то помещение, которое используется в предпринимательской деятельности ИП, после продажи заплатит НЕ 6% по УСН, а целых 13 %, как физ. лицо, со всей суммы продажи по договору купили-продажи, без права на любые имущественные вычеты полагаемые физическим лицам. Так что нюансов очень много.

Если у Вас нежилое помещение и оно было использовано в предпринимательской деятельности ИП, то есть, по факту сдавали и платили налоги по УСН 6%, то при продаже такого нежилого помещения заплатите 6 % с полной стоимости, которая будет указана в договоре купли-продажи. Причём, если право на помещение было зарегистрировано в 2015 году, то привязки к кадастровой стоимости у Вас не будет. Это был ответ на первый и второй вопрос одновременно.
По третьему вопросу есть множество вопросов, формат форума не позволяет ответить на него полноценно, мало информации, много нюансов, при определённом раскладе и правильных действий возможен вариант не уплаты налога, но тема скользкая и много в ней дыр, в частности есть разные трактовки. Ваша задача получить очную консультацию, сделать всё правильно, а там, как получится, а если не получится, то добиваться справедливости в суде.