При непогашенной ипотеке все вопросы начинаются с банка, а потом всё остальное.
После погашения ипотеки все дороги ведут в Росреестр для снятия обременения, а потом всё остальное.

Даже если вы покроете текущий кредит, далеко не факт, что банк даст ипотеку на квартиру побольше, потому что в банке не принято наделять собственностью детей при невыплаченной ипотеке. А органы опеки не дадут сделать продажу, без покупки долей на детей в следующей квартире.

Если бы вы не использовали маткапитал, вы могли бы сделать все желаемое без проблем. Теперь- нет.

Пишите письменное обращение в банк о выделении долей детям.
Нам наш банк отказал, поэтому рефинансируем ипотечный кредит в потребительский, долее будем выделять доли детям, далее нужно разрешение опеки на продажу.

В вашем случае все зависит сначала от банка, потом от опеки...

Все распоряжения невыплаченной квартирой - с согласия банка. Банк, скорее, не разрешит оформить детские доли в залоговой квартире.
Выплачивайте и выделяйте. Или ищите покупателя и делайте все его деньгами, составив соответствующий предварительный договор

"... Могу я заранее, до погашения ипотеки, выделить доли детям?.." - нет. Сначала снимается обременение, а лишь потом наделяете долями не только детей, но и себя с супругой/ом тоже.