Следует гасить часть уже оформленного ипотечного кредита с привлечением средств материнского капитала.

Потому что может так сделать.
Значит, что-то не устраивает специалистов банка.

банк не готов нести потери, перечисление мат.капитала 2-3 месяца а на это время банк получается дал деньги вам бесплатно, что противоречит смыслу бизнеса. Многие банки при использование заемщиком мат.капитал повышают проценты на всю сумму кредита и на весь срок, до 5 % повышения, что для заемщика не выгодно. Мат.капитал лучше использовать в последнию очередь досрочным погашением, учитывая перечисление 2-3 месяца.

Мат. капитал используется не в качестве взноса, а в качестве погашения ипотеки.

Вероятно, банку интересно, чтобы вы взяли большую сумму кредита для увеличения кредитного портфеля. Это их право, ставить условия.‌‌‌

Начиная с декабря 2014 во многих банках усложнили требования при взятии ипотеки, подняли процентные ставки и делают всё, чтоб нас держать в тонусе и чтоб всем жилось веселее, но отбросив все вышесказанное- причину отказа Вам должен объяснить кредитный инспектор в банке. Вообще у меня в практике обычно родители берут новостройку в ипотеку, далее получив право собственности на сданный в эксплуатацию объект недвижимости и собрав необходимые пенсионному фонду документы(включая нотариальное обязательство о наделении в последующем времени всех ваших детей обязательными долями в праве собственности) сдаете их в ПФР. ПФР перечисляет деньги от Вашего мат.капитала в Сбербанк или другой банк выдавший ипотеку , банк производит перерасчет и с этого момента Вы платите уже меньше. Впоследствии когда Вы закрываете полностью ипотеку и снимите обременение с квартиры согласно нотариального обязательства Вы обязаны наделить детей долями в квартире.
Желаю удачи!

Уточняйте в банке.

Потому, что выдать ипотечный кредит или отказать - это ПРАВО банка, а не его ОБЯЗАННОСТЬ. Банк вправе предъявлять те требования, которые сочтет нужным.