Здравствуйте. При покупке с ипотекой использовать можно только конструкцию ДКП, на каждый объект. Мена - нет.

После того как состоится переход прав по двум сделкам, на одну из квартир будет наложено обременение в виде ипотеки в силу закона, обращаетесь с заявлением в СФР и делаете к перевод маткапитала в банк.
У риэлторов есть услуга сопровождение сделки. Стоит недорого, но зато весь процесс будет организован специалистом с опытом. Выбрать можно среди ответивших или здесь:
https://www.cian.ru/reyting-rieltorov/

По идее Банк должен зачесть стоимость Вашей квартиры, как Ваши собственные средства (первоначальный взнос), уплаченные собственнику вымениваемой Вами квартиры.

Пообщался с банком. Договор мены они не рассматривают, только вариант с двумя ДКП. Продавец получает разницу в сумме от банка и право собственности на мою квартиру, а как будет погашена часть ипотеки с продажи моей квартиры?

А в какие сроки банк переводит продавцу сумму доплаты?