В СПб коммунальные квартиры оформляются как доли, где конкретная доля является комнатой, т.е. эта доля считается обособленным объектом права собственности. Отказал ВТБ, обратитесь в другой банк. И имейте ввиду, что отказ могли дать по иной причине, а сказали, что из-за того, что доля. Банк не обязан сообщать истинную причину отказа в предоставлении ипотечного кредита.
Вы все же определись, комната это или доля. Если комната - в Свидетельстве или ЕГРН есть ее номер (так и написано "комната №2" например). На комнаты многие банки ипотеку дают. На долю дают не все банки, причем только если она - последняя, когда все остальные уже ваши. Попробуйте Дельта-кредит или Газпромбанк, там комнаты точно проходят.
А вторая (остальная) часть квартиры - уже в Вашей собственности? Если да, то это покупка "последней доли", без проблем. Если нет - зависит от позиции банка. В общем случае банк неохотно кредитует покупку отдельной доли. Если же это коммунальная квартира, т.е. покупка именно комнаты - проблем не будет.